Mười lăm năm trước tại một vùng đất cằn cỗi của Thái Bình Dương, một con tàu du lịch va chạm với một tảng băng trôi và mất tích trên biển. Hơn một thập kỷ sau, Hideto Yashiro—một kỹ sư tàu thủy—qua đời trong một vụ tai nạn xe hơi nghiêm trọng. Mối liên hệ khó có thể xảy ra giữa những sự kiện này chỉ được làm sáng tỏ trên con tàu sang trọng St. Aphrodite trong chuyến hành trình đầu tiên của cô. Trên chuyến đi trong một kỳ nghỉ rất cần thiết, Kogorou Mouri, con gái ông Ran, Conan Edogawa và Đội thám tử nhí tận hưởng chuyến đi do gia đình Sonoko Suzuki cung cấp. Nhưng niềm vui của họ sớm bị gián đoạn khi trò chơi trốn tìm dẫn đến sự biến mất của Sonoko. Một thời gian sau, CEO của tập đoàn Yashiro, người đã xây dựng St. Aphrodite, được phát hiện bị đâm chết và cha cô mất tích. Trong khi cuộc điều tra của cảnh sát đi vào ngõ cụt, Conan đã truy tìm được thủ phạm. Không muốn bị bắt, thủ phạm đe dọa sẽ cho nổ tung tàu St. Aphrodite và đánh chìm tất cả hành khách của cô. Khi thân tàu nhanh chóng ngập nước, sự thật đằng sau những vụ giết người trả thù cuối cùng cũng được tiết lộ. Không còn nơi nào để trốn thoát, Conan và Kogorou phải vật lộn với thủ phạm khó nắm bắt trước khi mọi người trên tàu bị kéo xuống đáy đại dương.