Vào tháng 2 năm 1999, một chuỗi vụ giết người khiến Shiki Ryougi và Mikiya Kokutou phải đối mặt. Những tội ác này có nét tương đồng đáng lo ngại với một loạt vụ giết người tương tự từ năm 1995, khi Shiki và Mikiya gặp nhau lần đầu, đồng thời đánh thức ham muốn giết người đen tối đã ngủ yên trong tâm hồn Shiki kể từ đó. Khi Shiki bị nghi ngờ do có liên quan đến các vụ giết người trong quá khứ và được cho là có nét giống với kẻ giết người, cô và Mikiya lên đường tìm ra hung thủ thực sự. Giữa các cuộc điều tra riêng biệt của họ, Mikiya ngày càng quan tâm đến sức khỏe của Shiki và nhanh chóng tìm ra người chịu trách nhiệm để bảo vệ Shiki khỏi sự bốc đồng của chính cô. Với sự dẫn dắt từ anh họ của mình, điều tra viên cảnh sát Daisuke Akimi, Mikiya được dẫn vào thế giới ngầm của Thành phố Mifune, vì sự cứu rỗi linh hồn của Shiki nằm ở quyết tâm chứng minh sự vô tội của cô một lần và mãi mãi.